L’Assemblée générale est l’organe souverain de l’AUF. Elle réunit, tous les quatre ans, les établissements d’enseignement supérieur et de recherche membres de l’AUF. Cette assemblée détermine l’orientation et la ligne de conduite générale de l’AUF.
La 17ème Assemblée générale des institutions membres de l’Agence Universitaire de la Francophonie a eu lieu à Marrakech (Maroc) du 10 au 12 mai 2017, en présence de 678 universitaires venus du monde entier.